科学在某些方面，确实在理论和实践的层面都要比宗教更精致，因为不管宗教还是科学，其实都不必神秘化和绝对化，都是人类的共业和大趋势，也就是社会的合力的结果、表现。在具体问题上，人类发展了几千年，当今的科学当然不可与几千年前的宗教同日而语。但是，在根本性问题上，人类面临的困境是一样的，几乎是不可解决的（生命和宇宙的究竟谜底），因此，在某种意义上，文明的进步、科技的意义也是有限的。在具体的科学技术层面，也许人类认识和解决问题更精致，但是，在根本问题上，就不一定。比如思考人类终极问题的宗教模式（以及哲学模式），相比于科学模式，其实总体上是殊途同归、各有长短。而且科学模式在终极层面上，其实也是类似于宗教模式的。比如理论物理学（尤其是关于宇宙起源和归宿的方面）的最终假设，还是与宗教模式一样，难以全面验证（宗教与科学都可以部分验证）。科学强调验证，但终极假设是无法验证的。科学模式建立在一系列细致复杂的逻辑和分析基础上（其实中间可能包括某些逻辑空白、漏洞和悖论，所以还需要修改、发展），这比之宗教模式要优越。但宗教模式建立在人类思维冥想的极致与人体潜能的最大利用和开发上，这也是其特长。这是不能贬低和否定的。
比如，对于人体的研究，当今世界的科学技术，无论是其基础生理解剖的理论与技术，还是其尖端生物工程的理论与技术，虽然有其独特而高超的效用，但是，其研究的手段是局限于用物质工具进行观察、分析与改造。一则，离开对这些物质工具的依赖，科学就寸步难行，其文明架构就会崩溃，因此现代科学技术有很脆弱的一面，比如一场战争或其他灾难就足以从根本上毁灭之；二则，现代科技研究模式实际上是一种系统工程，是蚂蚁搬谷子式的群体信息交流和组合的研究结果，离开群体之间的信息交流与沟通，就大打折扣，甚至就会停滞萎缩；三则，科学研究的范围即使深入到微分子的层次，从实质上看还是不能超越人体粗重身心的部分。相对而言，古老的传统的宗教方面的某些方法，利用单个的（几乎是恒定的）人体，作为完整灵活的生命体本身的质素直接开发人体的潜能，则没有上述三方面的局限，每一个生命个体都可以进行，这在了解和探索人体的奥妙方面，也不失为一种更加诱人的途径，其探索的范围，比之于生理、生物技术，可能也更加深入。科学在某种意义上，只是借助外在的物质工具，把人的感官（六根）放大、延伸而已。难以超出六根，即使红外线、超声波，也最终要回到六根上。而宗教修行冥想和禅定等，则有可能超出感官（六根）。
又如，佛教的宇宙观，源于其以禅定为中心的宗教实践，是在禅定中冥想与体悟的结果。其方法论不是借助于外在的物质工具，而是借助于人体本身的潜能，是从调节人的自身身心入手，通过清净身心而获得证悟，其三界六道的宇宙图景，用科学是解释不了，也否定不了的。当然，佛教的宇宙图景相对现代科学，显得比较粗略，远不及现代科学技术对于世界的总体图像所进行的系统而具体的描述，原因如上所述，人类历史（共业、合力）终究又发展了几千年。
要特别强调的是：人的精神世界是理性与感性、思想与感情的复杂混合。某种意义上，人的感性、感情层面的东西更起决定性作用。例如，西方近代以来，即使在以科学技术为代表的理性主义取得空前成就的同时，西方近代的哲学、文艺，却是以非理性主义思潮反其道而行之。对于一个人来说也是如此，不管怎样，绝大多数人在其一生的绝大多数时间，受非理性的情感、信念等因素的影响是远超过受理性、理智因素的支配的。
而且，严格说，宗教，不是非理性的，应称之为超理性的，宗教是理性与感性、思想与感情、现实与超现实、对此生的思考与超越（即对前生后世的思考）的一种比较完美的结合。这不仅不是其落后于科学的地方，反而是超出科学的地方。当然，这也可能带来一些副作用。一种深沉广博的宗教感情（并利用人体先天生命本质的功能），辅之以严谨踏实的科学理念（以及人类历史长期积累的信息成果），也许是人类最佳的认识模式。
换言之，对于现实生活，科学能够很好地解释的，不妨按照科学。科学无能为力、鞭长莫及的（如前生来世，复杂的命运、诸法实相等），如不虞之灾、吞舟是漏、含玉而生等社会现象，更不用说生死之谜、宇宙之谜等自然现象，你不能仅仅用偶然性、必然性，实在性等来解释的，因为那不够，很不够，不管理性还是情感，都不够，只能把它延伸至前生后世和无穷广阔的时空，才能有比较完满的解释（虽然，如果仅仅从现世看，可能也显得比较虚幻）。
科学与宗教最大的差异之一，在于宗教中的前世、后世、三世因果报应的问题，这是科学所无法涉及的问题。确实，任何宗教之信仰都有来世信仰的内容。因为，归根到底，只有把眼光放至无穷广阔的宇宙时空中去看待生命现象和社会现象，才谈得上是一种宗教理念和宗教情感。三世因果，乃是宇宙生命现象纷繁复杂的根源之所在。如果因果报应仅限于此生此世，则大千世界、芸芸众生，就不可能有这么多纷繁复杂的世间万象，此即所谓“众生之业报不可思议”之理。当然，希望一切都要在此世算得清清楚楚，也就是，都要在此世了结，用佛教的话说，恶有恶报，善有善报，一切都是现世报。这当然是一种愿望，但把问题简单化了，那样的话，人间的一切恶事将消遁无余，因为，如果这样，谁还愿意造恶呀，谁还敢造恶呀，那么，人间就是天堂了。用康德哲学的话说，就是有德者必有福，就是至善。那确实是一种理想，可以追求之。但是，纷繁复杂的现实，并不是你想得这么简单。宇宙生命的游戏，也不是你要求的这么容易。那就是另一回事了。这就要披开纷繁复杂的现实，去了解更深的原因，这就是三世因果的根据。
确实，对绝大多数人来说，用前世、后世的宗教解释，这是个既不能证实、也不能证伪的问题，是不符合科学的。也就是，对绝大多数人来说，这是一个信仰问题、信念问题，既包括人类思维所及的一些理性思考，也包括人类思维所不及的更多的非理性的情感因素。
如果现世、科学能够解释，你尽管相信现世、科学（佛教并不否认现世、科学，有一部分确实能够用现世、科学解释）；如果现世、科学解释不了，你又不相信前世、后世的宗教解释，请问，你信什么？你还能怎么解释？至于前世后世的道德说教和劝化意义，在此就不必多说了。因此，不信来生者，只会陷入虚无主义、断灭论。说透了，如果现世不能解释，而又不信前世、后世，那此人就是一个虚无主义者、断灭论者，佛教认为最不可救药的就是这些人。在他们眼里，什么都没得说，前世、后世都是虚幻的，现世抢到手里才是实在的、唯一真实的。人类历史上的罪大恶极的人和事，绝大多数都源于这种观点。
当然，学术上的无神论、唯物论可以讨论，可以象有神论、唯心论一样，是一家之言（谁也没有什么特权，都不能自以为等同真理）。但是作为官方意识形态的唯物主义带来的后果是灾难性的，其实质是一种断灭论，现世论，是一种享乐主义，庸俗的物质主义，认为人死一切都无，因此，在这样的观念熏陶下，一些人认为只要在生有权有势，有金钱美女，做什么都不怕，哪怕死后洪水滔天。已经死去的嗜血暴君就是如此。现在的贪官污吏也是如此。
不管是科学还是宗教，不管是从中国还是从世界范围来看，想要以某一种宗教信仰也好、某种政治上的意识形态也好、某种科学万能的价值观念也好，想要以某种单一符号系统来统御人类的思想行为，是很不现实的，有时侯也是很危险的，是有害无益的。我们需要提倡的，是重视并发掘人类一切文化遗产和文化成果中的优秀成分。特别是那些对改善今日世界之普遍的信仰危机、道德危机有所裨益的文化遗产，我们更不能否定和丢失。无论如何，对于人来说，科学技术的进步带来的物质财富的满足，即使再加上探索宇宙的好奇心的满足，都是远远不够的。精神上、道德上的信仰，永远是人生的归宿与支柱，只是，这种信仰不应当是政治上的盲目迷信或者思想上的强迫灌输。近代以来，由于工业文明在全球的逐渐盛行，人类文明出现了全球化、一体化的趋势，特别是二十世纪下半叶以来，由于新技术革命的迅猛发展，这种趋势逐渐形成一股势不可挡的潮流，席卷全球，人类文明进入了一个以信息化为核心的后工业文明时代。不管是工业文明还是后工业文明，其价值观的基础是西方文化中世俗的科学技术和人文哲学观念。应当说，世俗的科学技术在增进人类的福利、改善人类的生存条件、扩展人类的见识范围等方面，无疑起着巨大的推动作用；而世俗的人文哲学观念，在冲破那些禁锢人性的封建专制、等级制度、盲目崇拜与迷信等不合理的旧价值观念，在传播民主、自由、平等、人道、人权等新价值观念方面，也起了巨大的促进作用。但是，在这一股世俗文化盛行的潮流中，也出现了诸多的社会问题。具体来说，随着二十世纪人类科学技术突飞猛进而来的两次世界大战，以及二次大战后此起彼伏的地区冲突、宗教冲突、民族冲突；由市场经济所带来的日益激烈的生存竞争的压力、失业的苦闷；人们普遍面临的知识爆炸、信息爆炸、生活与工作节奏的加快、身心的过度紧张与疲劳；全球范围普遍的腐化堕落和社会风气的败坏；爱滋病等新的世纪绝症的出现与流行；走私、毒品、卖淫、偷盗、抢劫、诈骗等诸多犯罪现象的猖獗；环境污染、生态危机、能源危机、人口爆炸、核战争的威胁；以及由信仰危机而来的普遍的心灵空虚和娱乐泛滥，等等，给人类文明的前景蒙上了一层层阴影，也使得现代人类的生活质量特别是精神生活的质量大打折扣。这些问题，当然不是任何一副灵丹妙药就能够一劳永逸地解决的。但是，在某种意义上恢复人类传统文化中有价值的部分在人类生活中的影响，确实是现代文明发展过程中需要重视的一个问题。正如众多有识之士所提出的，人类文明如果向穷究物质、征服自然的外向途径发展，则肯定是没有出路的，这也是当今西方科技文明面临诸多危机的根本原因之所在。人类文明的康庄大道，应当是由外求转向内求，以改善人类身心素质、挖掘人类生命自身的潜能为方向，由修心、修身而实现自身生命的变革，使人类的精神面貌和社会面貌焕然一新，进而改善人类的生活质量与生存环境，并最终将现实人间变成净土乐园。作者认为，这不仅是一切宗教所追求的崇高理想，也应当是人类文明所追求的最高理念与最终归宿。
总之，科学与宗教都不是万能的，这毋庸多说。我们要纠正的偏见是将二者截然对立起来。确实，二者是有差别、短长，但这并不妨害二者互相补充。在我国，相当长的一段时期以来，一些人片面地将二者对立起来，主要是出于某种政治意识形态考虑的结果，是不符合事实的，对于整个社会，是有害无益的。
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